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Course Outline
I. 서론 및 서론
1. 개요
- R을 보다 친근하게 만들기, R 및 사용 가능한 GUI
- 알스튜디오
- 관련 소프트웨어 및 문서
- R과 통계
- R을 대화형으로 사용하기
- 소개 세션
- 기능 및 특징에 대한 도움말 받기
- R 명령어, 대소문자 구분 등
- 이전 명령의 회수 및 수정
- 파일에서 명령 실행 또는 출력 전환
- 데이터 영구성 및 객체 제거
- Good 프로그래밍 연습: 독립형 스크립트, 좋은 가독성 예: 구조화된 스크립트, 문서, 마크다운
- 패키지 설치; CRAN 및 Bioconductor
2. 데이터 읽기
- Txt 파일(read.delim)
- CSV 파일
3. 간단한 조작; 숫자와 벡터 + 배열
- 벡터와 할당
- 벡터 산술
- 정기적인 시퀀스 생성
- 논리 벡터
- 누락된 값
- 문자 벡터
- 인덱스 벡터; 데이터 세트의 하위 세트 선택 및 수정
- 배열
- 배열 인덱싱. 배열의 하위 섹션
- 인덱스 매트릭스
- array() 함수 + 배열에 대한 간단한 연산(예: 곱셈, 전치)
- 다른 유형의 객체
4. 리스트와 데이터 프레임
- 기울기
- 목록 구성 및 수정
- 목록 연결
- 데이터 프레임
- 데이터 프레임 만들기
- 데이터 프레임 작업
- 임의의 목록 첨부
- 검색 경로 관리
5. 데이터 조작
- 관찰 및 변수 선택, 하위 설정
- 필터링, 그룹화
- 재코딩, 변형
- 집계, 데이터 세트 결합
- 분할 행렬 형성, cbind() 및 rbind()
- 배열을 사용한 연결 함수 ()
- 문자 조작, stringr 패키지
- grep과 regexpr에 대한 간단한 소개
6. 데이터 읽기에 대한 추가 정보
- XLS, XLSX 파일
- readr 및 readxl 패키지
- SPSS, SAS, Stata,… 및 기타 형식의 데이터
- 데이터를 txt, csv 및 기타 형식으로 내보내기
6. 그룹화, 루프 및 조건 실행
- 그룹화된 표현
- 제어문
- 조건 실행: if 문
- 반복 실행: for 루프, repeat 및 while
- apply, lapply, sapply, tapply 소개
7. 기능
- 함수 생성
- 선택 인수 및 기본값
- 가변 개수의 인수
- 범위와 그 결과
8. R에서의 간단한 그래픽
- 그래프 만들기
- 밀도 플롯
- 점 플롯
- 막대 그래프
- 선형 차트
- 파이 차트
- 상자 그림
- 산점도
- 플롯 결합
II. R에서의 통계 분석
1. 확률 분포
- 통계 표의 집합으로서의 R
- 데이터 집합의 분포를 조사하다
2. 가설 검정
- 모집단 평균에 대한 테스트
- 우도비 검정
- 1개 및 2개 샘플 테스트
- 카이제곱 Go적합도 검정
- 콜모고로프-스미르노프 1-샘플 통계
- 윌콕슨 부호 순위 테스트
- 2-샘플 테스트
- 윌콕슨 순위 합 검정
- 맨-휘트니 테스트
- 콜모고로프-스미르노프 테스트
3. 가설의 다중 검정
- 1종 오류와 FDR
- ROC 곡선 및 AUC
- 다중 테스트 절차(BH, Bonferroni 등)
4. 선형 회귀 모델
- 모델 정보 추출을 위한 일반 함수
- 적합 모델 업데이트
- 일반화 선형 모델
- 가족
- glm() 함수
- 분류
- 로지스틱 회귀
- 선형 판별 분석
- 비지도 학습
- 주성분 분석
- 클러스터링 방법(k-means, hierarchical clustering, k-medoids)
5. 생존 분석(생존 패키지)
- r의 생존 객체
- Kaplan-Meier 추정, log-rank 검정, 모수 회귀
- 자신감 밴드
- 검열(간격 검열) 데이터 분석
- Cox PH 모델, 상수 공변량
- Cox PH 모델, 시간 종속 공변량
- 시뮬레이션: 모델 비교(회귀 모델 비교)
6. 분산 분석
- 일원배치 분산분석
- ANOVA의 이원 분류
- 마노바
III. 생물정보학에서 해결된 문제
- limma 패키지에 대한 간략한 소개
- 마이크로어레이 데이터 분석 워크플로
- GEO에서 데이터 다운로드: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397
- 데이터 처리(QC, 정규화, 차등 표현)
- 화산 플롯
- 고객 사례 + 히트맵
28 Hours
회원 평가 (5)
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john ernesto ii fernandez - Philippine AXA Life Insurance Corporation
Course - Data Vault: Building a Scalable Data Warehouse
Very useful in because it helps me understand what we can do with the data in our context. It will also help me
Nicolas NEMORIN - Adecco Groupe France
Course - KNIME Analytics Platform for BI
I genuinely enjoyed the hands passed exercises.
Yunfa Zhu - Environmental and Climate Change Canada
Course - Foundation R
The pace was just right and the relaxed atmosphere made candidates feel at ease to ask questions.
Rhian Hughes - Public Health Wales NHS Trust
Course - Introduction to Data Visualization with Tidyverse and R
Richard's training style kept it interesting, the real world examples used helped to drive the concepts home.
